Havnen er et udtryk for byens sjæl. Her hersker en speciel atmosfære, der kan sammenlignes med hovedstadens Nyhavn. Gennem de senere år er aktiviteterne i og omkring den stemningsfyldte havn blevet stadigt mere omfattende og fungerer som centrum for forskellige begivenheder året rundt.
Bogense Marina ligger ved siden af havnen og blev indviet i 1976, men flere gange er marinen blevet moderniseret og udvidet. I dag er den Fyns største med plads til 760 lystsejlere og benyttes flittigt som udgangspunkt for sejladser til de jyske fjorde og rundt om Fyn.
Marinastranden i Bogense er en kunstig skabt strand på 18.000 m2, der strækker sig ud i havet mod vest. Stranden har derfor to kyster, hvoraf den ene altid vil være i læ for vind og bølger og dermed ideel for enhver smag og alder.
Har du ikke selv en båd, er der mulighed for at sejle langs den smukke kyst med det nydeligt restaurerede træsejlskib M/S Castor af Bogense.